SafeMod по-умолчанию отключен для всех аккаунтов/доменов. НО рекомендуем выяснить всё же какие функции в php необходимы для работы Ваших скриптов т.к. некоторое большинство функций в php, таких как "system, shell_exec, proc_get_status, proc_nice, proc_terminate, define_syslog_variables, syslog, openlog, closelog, escapeshellcmd, passthru, ocinumcols, ini_alter, leak, listen, chgrp, apache_note, apache_setenv, debugger_on, debugger_off, ftp_exec, dl, dll, ftp" отключены в целях безопасности и более стабильной работы сервера.
Joomla, DLE, WP, MaxSite и прочие скрипты блогов, CMS, галлерей работают без проблем.